Gut, dann mal so gebrainstormt, wie man auf Neudeutsch sagt:
Neues Japan:
Akihabara DER Elektronik, Manga, Animebezirk 
http://www.japan-guide.com/e/e3003.html
Shibuya Die berühmte Kreuzung (vom 1. oder 2. Stock im Bahnhof hat man einen ganz guten Blick), viele Geschäfte und Blinkelichter 
http://www.japan-guide.com/e/e3007.html
Shinjuju Großer Bahnhof, auch viele Geschäfte und kleine Lokale (Omoide Yokocho) 
http://www.japan-guide.com/e/e3011.html
Altes Japan:
Ist etwas schwieriger, weil die meisten Sehenswürdigkeiten früher zusperren. Manche Schreine sind rund um die Uhr geöffnet.
Asakusa könnte interessant sein, Tempel und Pagode sind auch außerhalb der Öffnungszeiten von außen schön, die Geschäfte dort haben dort auch etwas länger geöffnet. Danach kann man in der Gegend gut Essen gehen 
http://www.japan-guide.com/e/e3004.html
Empfehlenswert ist auch, eine der Aussichtsplattformen zu besuchen. Am besten vor Sonnenuntergang hinauf, dann kannst du Tag und Nacht und Sonnenuntergang sehen.
http://www.japan-guide.com/e/e3057.html
Am Wochenende würde sich dann ein Ausflug nach 
Kamakura (
http://www.japan-guide.com/e/e2166.html) oder 
Hakone (
http://www.japan-guide.com/e/e5200.html) anbieten.